¿Qué es una sonda molecular y por qué es clave en la detección de mutaciones?

Las sondas moleculares son fragmentos cortos de ADN o ARN diseñados para unirse a una secuencia específica de interés. Estas herramientas son fundamentales en técnicas como la PCR en tiempo real (qPCR), permitiendo detectar mutaciones puntuales, variantes genéticas o microorganismos con alta precisión.

Una de las tecnologías más usadas es el ensayo TaqMan, que utiliza sondas dualmente marcadas con un fluoróforo en el extremo 5’ y un supresor en el 3’. Durante la amplificación, la ADN polimerasa Taq corta la sonda, liberando el fluoróforo y generando una señal fluorescente proporcional al ADN amplificado.

Aplicación en discriminación de SNPs

En genotipificación, se usan dos sondas específicas: una para el alelo silvestre y otra para el mutado, cada una con un fluoróforo distinto (como FAM y VIC). Esta estrategia permite detectar y diferenciar alelos en una sola reacción.

Además, el uso de sondas MGB (Minor Groove Binder) mejora la especificidad y permite diseñar sondas más cortas (hasta 13 bases), lo cual es ideal para detectar cambios de un solo nucleótido (SNPs) con gran sensibilidad.

Claves para un diseño exitoso

• Tm de la sonda: 5-10°C mayor que la de los primers.

• Contenido GC ideal: entre 45% y 65%.

• Longitud de primers: 15-30 bases, Tm similar entre ellos (~58-60°C).

• Verificación con herramientas bioinformáticas y BLAST para asegurar especificidad.

Conclusión

Un diseño riguroso de sondas y primers es esencial para asegurar resultados confiables en estudios moleculares. Estas herramientas no solo mejoran la precisión diagnóstica, sino que también permiten avanzar en investigación genética, validación de mutaciones y desarrollo de tecnologías rápidas y eficaces.